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Services

Bienvenue sur la page de la plateforme BIBS – Bioinformatique et Biostatistiques – de l’unité Epigénétique et Destin Cellulaire.


Mission de la plateforme BIBS

La plateforme BIBS de l’UMR7216 développe et met à disposition des protocoles standardisés pour l’analyse de données NGS en épigénomique. Nous maintenons également l’accès à une ressource de calcul locale et nous fournissons aux équipes du laboratoire un éventail de services liés à la bioinformatique. Ces services incluent notamment la veille technologique, des analyses spécifiques, ainsi que des formations personnalisées pour nos utilisateurs.


Objectifs de la plateforme

  • Fournir un accès à une ressource de calcul dédiée à l’analyse NGS.
  • Maintenir et disséminer les outils, pipelines et bases de données développés par nos utilisateurs (e.g. RNA-seq, ChIP-seq, Ribosome profiling, etc.)
  • Installer et maintenir des images Docker et Singularity des outils NGS.
  • Développer des pipelines d’analyse (Snakemake et NextFlow).
  • Promouvoir la collaboration et l’échange de connaissances.
  • Organiser des formations.


Comment accéder à la plateforme

Si vous désirez discuter et mettre en place un projet avec la plateforme, merci de remplir le formulaire disponible ici et de l’envoyer à Magali Hennion. Une réunion pour discuter de vos besoins sera organisée dans les jours suivants.

L’accès à nos ressources de calcul est possible sur demande. Ce cluster nécessite l’utilisation de Docker ou de Singularity. Si besoin, la plateforme peut vous former. La documentation est disponible sur le site internet de la plateforme.

Les protocoles, scripts et mode d’emploi du cluster sont hébergés sur notre dépot GitHub. Une partie des ressources est privée, pour y avoir accès, merci de contacter Magali Hennion et de lui fournir votre identifiant GitHub.


Site internet de la plateforme

Vous trouverez plus d’information sur le site internet de la plateforme BIBS :
https://parisepigenetics.github.io/umr7216bioinfofacility/