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Services

Bienvenue sur le site web de la plateforme de Bioinformatique de l’unite Epigenetique et Destin Cellulaire.

Mission de la plateforme:

La plateforme de bio-informatique de l’UMR7216 met a disposition et développe des protocoles standardisés pour l’analyse de données NGS en épi-génomique. Nous maintenons aussi l’accès a une ressource de calcul locale et fournissons aux équipes de l’UMR7216 un éventail de services liés à la bio-informatique. Ces services incluent notamment la veille technologique, des analyses projet-spécifiques, et des formations personnalisées pour nos utilisateurs sur demande.

La principale ressource pour les protocoles, scripts et mode d’emploi du cluster est hébergée sur des dépots github privés. Merci de contacter Kevin Cheeseman pour plus d’information.

 

Comment accéder à la plateforme :

Si vous désirez discuter et mettre en place un projet avec la plateforme, merci de suivre la procédure suivante :

  1. Téléchargez et remplissez le formulaire disponible ici.
  2. Envoyer un e-mail à Kevin Cheeseman avec le formulaire en pièce jointe.
  3. Une réunion pour discuter de vos besoins sera organisé dans les jours suivants.

L’accès a nos ressources de calcul est possible sur demande. Ce cluster nécessite l’utilisation de Docker. Une formation par la plateforme, ainsi que l’accès aux supports de formation est possible sur demande.

Les objectifs de notre plateforme de bio-informatique sont :

  • Fournir un accès a une ressource de calcul dédiée à l’analyse NGS.
  • Maintenir et disseminer les outils, pipelines et bases de données développés par nos utilisateurs (e.g. RNA-seq, ChIP-seq, Ribosome profiling, etc.)
  • Installer et maintenir des images docker des outils NGS requis par nos utilisateurs.
  • Promouvoir la collaboration et l’échange de connaissances.
  • Organiser des formations.
  • Toutes nos analyses sont effectuées via des containers docker et des scripts sbatch. Des workflows Snakemake sont actuellement en cours de déploiement/développement.