Plateforme BioInformatique | UMR7216

Mission de la plateforme BiBs

La plateforme BiBs de l’UMR7216 développe et met à disposition des protocoles standardisés pour l’analyse de données NGS en épigénomique. Nous maintenons également l’accès à une ressource de calcul locale et nous fournissons aux équipes du laboratoire un éventail de services liés à la bioinformatique. Ces services incluent notamment la veille technologique, des analyses spécifiques, ainsi que des formations personnalisées pour nos utilisateurs.

Objectifs de la plateforme

Fournir un accès à une ressource de calcul dédiée à l’analyse NGS.
Maintenir et disséminer les outils, pipelines et bases de données développés par nos utilisateurs (e.g. RNA-seq, ChIP-seq, Ribosome profiling, etc.)
Développer des pipelines d’analyse (Snakemake et NextFlow).
Promouvoir la collaboration et l’échange de connaissances.
Organiser des formations.

Notre équipe

Comment accéder à la plateforme ?

Si vous désirez discuter et mettre en place un projet avec la plateforme, merci de remplir le formulaire disponible (odt ou docx) et de l’envoyer à BiBs (bibs_umr7216@parisepigeneticsDOTcom). Une réunion pour discuter de vos besoins sera organisée dans les jours suivants.

L’accès à nos ressources de calcul est possible sur demande. Si besoin, la plateforme peut vous former. La documentation est disponible sur le site internet de la plateforme.

Les protocoles, scripts, pipelines et tutos sont hébergés sur notre dépot GitHub. Une partie des ressources est privée, pour y avoir accès, merci de contacter la plateforme et de lui fournir votre identifiant GitHub.

Site internet de la plateforme

Vous trouverez plus d’information sur le site internet de la plateforme BIBS :
https://parisepigenetics.github.io/bibs

Comité de pilotage

Magali Hennion
Florent Hubé
Olivier Kirsh
Valérie Mezger
Jean-François Ouimette
Pierre Poulain (Institut Jacques Monod)
Claire Rougeulle


Magali Hennion	Olivier Kirsh
IR CNRS	MCF Université de Paris